Κατά τις τελευταίες πληροφορίες από την εν εξελίξει έρευνα, το δυστύχημα φαίνεται να οφείλεται σε λάθος χειρισμό του Σταθμάρχη Λάρισας ο οποίος στο τμήμα «Λάρισα – Ευαγγελισμός» κατεύθυνε το επιβατικό τρένο στη γραμμή καθόδου κυκλοφορίας με αποτέλεσμα να βρεθεί στην ίδια γραμμή με το εμπορευματικό. Σημειώνεται ότι σε όλο το μήκος της η σιδηροδρομική γραμμή που ενώνει την Αθήνα με τη Θεσσαλονίκη είναι διπλή.
Οι ίδιες πληροφορίες αναφέρουν ότι η μοιραία, όπως αποδείχθηκε, εντολή του Σταθμάρχη Λάρισας προς την επιβατική αμαξοστοιχία 62 ήταν «περνάς κόκκινο φωτόσημο εξόδου έως και είσοδο Νέων Πόρων (σ.σ. ο επόμενος σταθμός μετά από αυτόν της Λάρισας)».
Λίγο μετά τη σύλληψη του σταθμάρχη Λάρισας έγινε γνωστό ότι χαρακτηρίζεται ως υπαίτιος του δυστυχήματος και κατηγορείται εκτός των άλλων για ανθρωποκτονία από αμέλεια (άρθρο 302 του Ποινικού Κώδικα), σωματική βλάβη από αμέλεια (314 ΠΚ) και επικίνδυνες παρεμβάσεις στην συγκοινωνία μέσων (291 ΠΚ).
Σημειώνεται, δε, ότι στο πλαίσιο της δικογραφίας που σχηματίζεται από την ΕΛΑΣ έχουν δώσει ανωμοτί καταθέσεις και άλλοι δύο υπάλληλοι στην Τροχαία Λάρισας.
Σε σχέση με τις φήμες ότι ο σταθμάρχης ήταν άπειρος, αρμόδιες πηγές διευκρινίζουν ότι είναι ηλικίας 56 ετών, είναι εργαζόμενος για πολλά χρόνια στον οργανισμό και ανέλαβε κάθηκοντα μετά από εκπαίδευση ενός έτους και πιστοποίηση μαζί με άλλους περίπου 100 συναδέλφους του που πέρασαν την ίδια διαδικασία.
Όπως διευκρινίζουν αρμόδιες πηγές η εκπαίδευση, εξέταση και πιστοποίησή των σταθμαρχών γίνεται από τον ΟΣΕ, ο οποίος και είναι ο διαχειριστής της Σιδηροδρομικής Υποδομής με πεδίο ευθύνης το δίκτυο και τη διαχείριση της κυκλοφορίας των αμαξοστοιχιών. Όσο για την Hellenic Train σημειώνεται ότι είναι η Σιδηροδρομική Επιχείριση που εκτελεί σχεδόν το σύνολο των σιδηροδρομικών δρομολογίων στη χώρα, έχει την ευθύνη εξυπηρέτησης του επιβατικού κοινού, και έχει ως προσωπικό τους μηχανοδηγούς.